1 апреля 1925 года в системе Севастопольского коммунального хозяйства создан Коммунальный трест «Водокат», в состав которого вошли: водопровод, канализация, трамвай (городской и Балаклава), городское пароходство (моторные катера). Этот день считается днем основания Водоканала.
В январе 1932 года городской водопровод и канализация выделились из треста «Водокат» в отдельный трест «Водоканал».
23 декабря 2014 года в связи с переходом Крыма и города Севастополя под юрисдикцию Российской Федерации Постановлением правительства г. Севастополя №566 от 11.12.14 г. "О приведении Устава коммунального предприятия "Севгорводоканал" СГС в соответствие законодательству Российской Федерации изменено название предприятия на Государственное унитарное предприятие города Севастополя "Водоканал" (ГУПС "Водоканал")
Награды
7 января 1971 года вышел Указ Президиума Верховного Совета СССР о награждении Производственного Управления водопроводно-канализационного хозяйства г. Севастополя Орденом «Знак почета».
По итогам проделанной работы ГУПС «Водоканал» признано лучшим предприятием в городе и в июне 2018 года занесено на городскую Доску Почета.